雨宫凛在母亲工作调动后转入圣华女子学院，住进校内宿舍。新学期开始不久，她便发现旧校舍二楼的门总在傍晚被锁上，而值日表里每周三都多出一个没有署名的名字。同寝室的白石澪告诉她，那只是学生间流传多年的恶作剧，学校早已禁止夜间靠近旧楼。可当凛在图书室整理过期刊物时，一张六年前的毕业合照从书页间掉落，照片边缘有人用铅笔写着“第十三个名字”。

凛开始留意身边同学对这张照片的反应。班长黑田真帆对旧校舍异常熟悉，却总把话题引向新校庆；新闻社的上野千夏正在整理一段失真的广播录音，里面反复出现的钟声与照片拍摄日期恰好重合。几个人循着线索找到封存的广播室、被调换过的值日簿，以及一批没有寄出的道歉信。每一份材料都指向学生早已忘记的社团冲突，却没人能说清当年究竟是谁在最后一晚独自留在学院。

一次突如其来的暴雨切断了宿舍区的电力，凛与澪被困在旧楼。广播系统在断电后自行启动，播放出一段被剪去开头的校内通知。澪终于承认，自己小时候曾在学院见过照片中的失踪学生，但她记得的时间与公开档案相差整整一年。与此同时，真帆发现有人持续改写当年的校史记录，原本看似无关的几段证词开始互相矛盾。四名女孩不得不重新审视彼此的信任，也发现所谓的“第十三个名字”并非一个人，而是一种刻意抹去的身份。

随着校庆临近，凛把录音、信件和名单上的日期逐一对照，终于拼出事件发生前后的完整顺序。答案没有简单地把谁划成好人或坏人：沉默的人有自己的理由，讲述真相的人也曾犯下过错。最后一夜，几人回到礼堂，在全校师生面前播放未经剪辑的旧录音，让当年的受害者与如今的学生都能听见完整经过。学院没有因此立刻摆脱阴影，但被藏起来的名字重新回到记录中，凛也在晨光里明白，真正的告别不是忘记，而是允许每个人说出自己的那一页。